E' impossibile dare un'unica risposta, ma diversi ostacoli possono essere elencati.

1) Difficoltà tecniche. L'abitudine di Tolkien a revisioni non metodiche rese il manoscritto caotico; sembrava impossibile trarne qualcosa di consistente. Gli elementi introdotti ne Il Signore degli Anelli, dovevano esservi inseriti. Oltre a questi piccoli problemi, ciò comportava molte alterazioni, alla stessa struttura mitologica.
2) Il problema della profondità. Ne Il Signore degli Anelli, i suoi riferimenti alle antiche leggende della Prima Età aiutavano a produrre un forte senso di realtà storica. Ne Il Silmarillion, che raccontava le leggende stesse, questo metodo non era di certo disponibile.
3) Il problema della presentazione. Il Signore degli Anelli ha la struttura del racconto, la storia prosegue sequenzialmente o dal lato degli avvenimenti o da un altro punto di vista. Ma Il Silmarillion era una raccolta di racconti che avevano molto più in comune con le leggende che egli studiava che con il Signore degli Anelli. Egli temeva che se lo avesse presentato l'opera quale degli studi annotati di antichi manoscritti avrebbe sottratto a molti lettori la gioia del "racconto come storia".
4) Niente Hobbit. Egli temeva (correttamente) che molte persone si aspettavano un "altro" Signore degli Anelli, cosa che il Silmarillion non sarebbe stato.